Ondanks deze grote vooruitgang moeten enkele kanttekeningen worden gemaakt, voordat men besluit om tot preventieve vaccinatie over te gaan.
1. Het is niet bewezen dat preventieve vaccins echt tegen kanker beschermen en het zal nog tientallen jaren duren voordat dit kan worden vastgesteld. Echter, alle studies laten een 100% bescherming zien voor het optreden van HPV 16 en 18 specifieke CIN laesies. Door de WHO wordt het optreden van CIN laesies vooralsnog geadviseerd als eindpunt voor deze vaccinatiestudies. Uit meerdere langdurige follow-up studies blijkt dat 6 tot 13% van de HPV infecties met een high risk type leidt tot een premaligne afwijking (CIN I-III).
2. De follow-up van beide preventieve vaccins is van korte duur (max. 60 maanden). De beschermende antilichaam titers blijven constant in deze periode. De vraag is hoe lang een dergelijke bescherming uiteindelijk blijft bestaan. De wenselijkheid van herhalingsvaccinaties is dus nog onbekend. Uit de genoemde studies blijkt dat bescherming samengaat met hoge titers virus neutraliserende antilichamen in het serum. Deze antilichaam titers zijn aanmerkelijk hoger in vergelijking met de titers na natuurlijke blootstelling aan HPV (14,15,16,17). Met toename van de leeftijd zijn titers die bereikt worden door vaccinatie lager dan bij jonge meisjes. Op alle leeftijden zijn de antilichaam titers na vaccinatie echter hoger in vergelijk met titers na een natuurlijke infectie.. Het is nog onduidelijk hoe hoog titers moeten zijn en blijven om infectie te voorkomen.
3. De vaccins beschermen alleen tegen HPV16 en HPV18, samen verantwoordelijk voor
70% van de cervixcarcinomen. Er zijn aanwijzingen voor kruisbescherming tegen vooral HPV typen in dezelfde fylogenetische tak (16), maar er zal geen 100% dekking worden verkregen. Of andere virustypes in de afwezigheid van HPV16 of 18 een groter gevaar zullen gaan vormen is op dit moment evenmin bekend. Het BVO zal dus vooralsnog onverminderd noodzakelijk zijn.